Não deixar pedra sobre pedra

Não deixar pedra sobre pedra.

Destruir ou reformar algo por completo; não deixar nada intacto; fazer uma intervenção total e radical.

Versão neutra

Não deixar nada intacto

Significa sempre destruir fisicamente?
Não — pode ser literal (demolição) ou figurado (reorganização total, crítica severa). O contexto define se a ação é material ou simbólica.
A expressão tem origem na Bíblia?
Há uma formulação semelhante nos Evangelhos relativos à destruição do Templo ("não ficará aqui pedra sobre pedra"); essa passagem contribuiu para a difusão e força metafórica da expressão.
Posso usar esta expressão em contextos formais?
Sim, mas com cuidado: é enfática e pode soar agressiva. Em contextos formais prefira versões neutras como "não deixar nada intacto" ou explique a intenção.

Pode ser usada de forma literal (demolição de um edifício) ou figurada (reorganização total, crítica severa, limpeza profunda).
Registo: coloquial a neutro, frequentemente enfática; em contextos formais convém explicar a intenção para evitar ambiguidade.
Tem conotação de eliminação completa e, por isso, pode soar agressiva se aplicada a pessoas ou a bens culturais.
Em inglês existe expressão parecida mas com sentido diferente: 'leave no stone unturned' significa procurar exaustivamente, não destruir.

A nova gestão prometeu não deixar pedra sobre pedra: vai reestruturar os departamentos e cortar projectos redundantes.
Durante a demolição do velho armazém não ficou pedra sobre pedra; tudo foi removido para dar lugar ao parque.
Na crítica literária, o autor foi implacável e não deixou pedra sobre pedra na obra dos seus colegas, apontando falhas em todas as obras.

Inglês
No exact equivalent with the same nuance; close idiom: "leave no stone unturned" (search thoroughly).
Espanhol
No dejar piedra sobre piedra
Francês
Ne laisser pierre sur pierre
Italiano
Non lasciare pietra su pietra
Alemão
Keinen Stein auf dem anderen lassen