Sabe Deus as linhas com que cada um se cose.

Só Deus conhece verdadeiramente a natureza, as intenções e o destino de cada pessoa.

Versão neutra

Só Deus conhece as razões e o destino íntimo de cada pessoa.

O que significa exactamente este provérbio?
Significa que apenas Deus (ou o mistério último da vida) conhece por completo as intenções, o carácter e o destino de cada pessoa; serve para advertir contra julgamentos precipitados.
É um provérbio religioso? Devo evitá‑lo em contextos seculares?
Tem uma referência religiosa (invoca Deus) mas é usado também em sentido laico para expressar ignorância sobre motivos interiores. Em contextos estritamente seculares pode preferir‑se uma formulação neutra como "só se conhece plenamente alguém com muito tempo".
Quando é apropriado usar este provérbio?
Quando se quer moderar críticas, mostrar prudência antes de julgar outro ou explicar que certos acontecimentos e comportamentos têm causas ocultas que nós desconhecemos.

Usa‑se para salientar que não se deve prever ou julgar completamente a vida ou as intenções de outra pessoa.
Tom habitual: proverbial, coloquial; pode ter tom resignado, religioso ou cauteloso, dependendo do contexto.
Não é uma afirmação sobre liberdade de acção — costuma enfatizar ignorância sobre motivos íntimos, não ausência de responsabilidade.
Evita‑se em contextos formais onde se requer argumentação racional em vez de apelos ao mistério ou à providência.

Quando se soube o que aconteceu, pensei que tinha julgado mal — sabe Deus as linhas com que cada um se cose.
Ela decidiu perdoar porque, como diz o avô, sabe Deus as linhas com que cada um se cose; ninguém conhece todos os motivos dos outros.

A Deus rogando e com o martelo dando — sugere que além da fé é preciso agir por conta própria.
Cada qual colhe o que planta — enfatiza responsabilidade pessoal e consequências das próprias acções.
Quem não arrisca, não petisca — sublinha iniciativa e agência em vez de destino inexorável.